El Área de Historia tiene como objetivo contribuir a la reflexión sobre el pasado de los países andinos mediante la investigación, la docencia a nivel de posgrado y la preparación de publicaciones dirigidas a la comunidad académica y educativa. La oferta de cursos incluye un programa doctoral en historia, un conjunto de cursos obligatorios y optativos para los programas de maestría, un programa de posgrado en gestión documental y archivos, y un curso abierto sobre historia del Ecuador. En el ámbito de publicaciones especializadas, el área ha preparado, con la colaboración de un grupo de historiadores que trabajan en centros académicos de cada uno de los países de la subregión y de especialistas provenientes de universidades de Estados Unidos, Canadá y Europa, la colección editorial Historia de América Andina, compuesta de ocho volúmenes. El Área de Historia también colabora con la divulgación educativa mediante una participación activa en el Programa de Reforma Curricular del Bachillerato, que mantiene la universidad en convenio con el Ministerio de Educación del Ecuador. Con este propósito, el área reformuló los programas de las asignaturas de historia, que se imparten a nivel del bachillerato, ofrece con el Área de Educación cursos de capacitación a los docentes secundarios de todo el país, y ha preparado un Manual de Historia del Ecuador para docentes de educación básica y secundaria. El Área de Historia forma parte, además, de la red andina de la Cátedra de Historia de la Organización de Estados Iberoamericanos (OEI) y mantiene un convenio de cooperación académica e investigación con la Facultad de Historia de la Universidad de Bielefeld (Alemania). A propósito de la cercanía del Bicentenario de la Independencia, el Área de Historia mantiene un taller de investigación sobre el tema, que incluye investigadores de Colombia, Perú, Bolivia y Ecuador.